Pro cestu do národního parku je jistě vhodné zvolit dopravu veřejnou, která je šetrnější k přírodě.
Vlakem
Východní část NP Podyjí je přístupná nejlépe přímo od železniční stanice Znojmo, do národního parku je odtud něco málo přes kilometr.
Severní část NP Podyjí, tedy jeho centrální část je dostupná ze železniční stanice Citonice, do národního parku je to však ještě cca. 5 km. Spojení je však jistě výhodné
pro cykloturisty.
Západní okraj NP Podyjí je poměrně lehce dosažitelný ze železniční stanice Šumná, ležící na trati Znojmo - Okříšky. Jizdní řád této trati ve formátu PDF je k dipozici zde.
Autobusem
Veškerá sídla v ochranném pásmu Národního parku Podyjí jsou spojena s městem Znojmem veřejnou autobusovou dopravou. Autobusové linky končí v Hnanicích, Čížově nebo Vranově nad Dyjí. Místní část Hradiště je se Znojmem spojena městskou veřejnou dopravou.
Jízní řády a doporučená místa .
Dále viz: Změny ve veřejné autobusové dopravě na Znojemsku
Linka Znojmo - Čížov (817) ke stažení: zde.
Využijte v případě návštěvy : Nového Hrádku,Vinice Šobes ze západní strany, Hradeggské vyhlídky a Hardeggu, Ledových slují.
Linka Znojmo - Vranov - Podhradí - Vratěnín (816) ke stažení: zde
Využijte v případě návštěvy : Zámku Vranov na Dyjí, Vranovské přehrady, Zříceniny hradu Fernštejn.
Linka Vranov - Lesná - Šumná - Bítov - Lubnice (830) ke stažení zde
Využijte v případě návštěvy : Hradu Bítov, Zříceniny hradu Cornštejn.
Linka Znojmo - Hnanice (818) ke stažení zde.
Využijte v případě návštěvy : Vinice Šobes, vyhlídky Sealsfieldův kámen, vinařských obcí Konice, Popice, Hnánice, Šatov.
zdroj: http://www.nppodyji.cz/